Basierend auf der gleichnamigen international gefeierten Sci-Fi-Reihe erzählt GHOST IN THE SHELL die Geschichte von Major, einem einzigartigen Mensch-Maschine-Hybriden, die in einer dystopischen Zukunft die Eliteeinheit Sektion 9 anführt. Auf ihrer Mission gegen die gefährlichsten Kriminellen und Extremisten sieht sich Sektion 9 mit einem Gegenspieler konfrontiert, dessen Ziel es ist, die fortgeschrittenen Cyber-Technologien des Konzerns Hanka Robotics zu vernichten.