Kubo (Art Parkinson) lebt ein ruhiges, nicht sehr spektakuläres Leben in einem kleinen Dorf an Japans Küste. Hier verdient der gutherzige Junge seinen kargen Unterhalt, indem er den Anwohnern des Örtchens fantastische Geschichten erzählt. Als Kubo jedoch versehentlich einen Geist aus seiner Vergangenheit auf den Plan ruft, wird seine Normalität auf den Kopf gestellt und plötzlich ist seine gesamte Heimat in Gefahr. Längst vergessener Groll flammt in der Ortschaft auf und eine alte Fehde entbrennt aufs Neue. Auf einmal sind Götter und Monster hinter Kubo her. Um zu überleben, muss er das Rätsel seines verstorbenen Vater lösen, der einst ein legendärer Samurai-Krieger mit einer verzauberten Rüstung war. Auf der Flucht vor dem rachsüchtigen Moon King (Ralph Fiennes) und den bösartigen Zwillingsschwestern (Rooney Mara) bekommt der Junge jedoch auch unerwartete Unterstützung von neuen Verbündeten: Monkey (Charlize Theron) und Beetle (Matthew McConaughey). Außerdem befindet sich ein magisches Saiteninstrument in seinem Besitz, das Kubo helfen könnte, seine Familie zu retten und sein Heldenschicksal zu erfüllen.