1638 brechen Pater Sebastião Rodrigues (Andrew Garfield) und Pater Francisco Garupe (Adam Driver) von Portugal ins für die westliche Welt völlig abgeschottete Japan auf, um der Wahrheit hinter den undenkbaren Gerüchten nachzugehen, dass ihr berühmter Lehrer Cristóvão Ferreira (Liam Neeson) seinem Glauben abgeschworen habe. Nach ihrer Ankunft erleben sie die brutale und unmenschliche Verfolgung der Christen durch die japanischen Machthaber. Angesichts der Ereignisse in einer Gesellschaft, die keine Toleranz kennt und in der der Tod an der Tagesordnung ist, stellt sich Sebastião auf seiner Reise durch das von der Gewaltherrschaft der Shogune zerrissene Land die immerwährende Frage: Wie kann Gott dies alles zulassen?