Die vier Adélie-Pinguine Skipper (im Original gesprochen von Tom McGrath), Kowalski (Chris Miller), Rico (John DiMaggio) und Private (Christopher Knights) – in der Reihenfolge ihres jeweiligen Ranges – sind zurück. Und die Zeiten des “Lächeln und Winken” sind mehr denn je gefragt, denn auf sie wartet ihre bisher schwierigste Mission. Die Top-Spione werden von einer geheimen Organisation namens North Wind unter Führung des dienstbeflissenen Classified (Benedict Cumberbatch) angeheuert. Weitere Mitglieder sind der grimmige Corporal (Peter Stormare) sowie der Zerstörungsexperte Short Fuse (Ken Jeong) und Intelligence-Analystin Eva (Annet Mahendru). Das Ziel ihre Mission ist der natürlich größenwahnsinnige Superschurke Dr. Octavius Brine (John Malkovich), der seine ganz persönliche Verstimmung an der Welt auslassen will. Doch da haben die Pinguine von Madagascar noch ein Wörtchen mitzureden. Oder zwei. Oder…