Maria Magdalena (Rooney Mara) trifft Jesus (Joaquin Phoenix) erst an einem späten Zeitpunkt in seinem Leben und wird nicht nur zu seiner Begleiterin, sondern auch zur Zeugin seiner Kreuzigung und Auferstehung. Dabei schließt sie auch die Bekanntschaft der Jünger, die dem heiligen Mann folgen, unter ihnen Petrus (Chiwetel Ejiofor), Johannes (Zohar Shtrauss) und Judas (Tahar Rahim).