Als Jake (Asa Butterfield) verschiedene Hinweise findet, die Realität und Zeit auf rätselhafte Weise auf den Kopf zu stellen scheinen, entdeckt er einen geheimen Zufluchtsort, MISS PEREGRINE'S HOME FOR PECULIAR CHILDREN - dt. Titel: DIE INSEL DER BESONDEREN KINDER. Je mehr Jake über die Bewohner der Insel und über ihre aussergewöhnlichen Fähigkeiten erfährt, desto mehr wird ihm bewusst, dass Sicherheit nur eine Illusion ist und dass Gefahr in Gestalt von übermächtigen, unsichtbaren Feinden überall lauert. Jake muss unbedingt herausfinden, was wahr ist, wem er trauen kann und wer er selbst wirklich ist.