Ein Einzelgänger (Henry Golding), der sich selbst Snake Eyes nennt, wird in den uralten japanischen Ninja-Clan Arashikage aufgenommen, nachdem er dessen Erben Tommy (Andrew Koji) das Leben gerettet hat. Nun werden seine Kampfkünste weiter trainiert und er erhält endlich das, wonach er schon immer gesucht hat: ein Zuhause. Doch der Clan fordert auch ein großes Maß an Loyalität und als Geheimnisse zu Snake Eyes Vergangenheit ans Licht kommen, muss dieser seine Ehre und Zugehörigkeit aufs Neue unter Beweis stellen - auch wenn das bedeutet, dass er vielleicht diejenigen Menschen verliert, die ihm am Nächsten stehen. Insbesondere die Terror-Organisation Cobra mit der gefährlichen Baroness (Úrsula Corberó) lässt die Lage zusätzlich eskalieren.