Thomas A. Anderson lebt ein Doppelleben. Tagsüber ist er ein durchschnittlicher Computerprogrammierer, nachts ein Hacker namens Neo. Neo hat immer seine Realität hinterfragt, doch die Wahrheit übersteigt seine Vorstellungskraft. Als Neo von Morpheus kontaktiert wird, einem legendären Hacker, den die Regierung als Terroristen bezeichnet, gerät er ins Visier der Polizei. Als Rebell gegen die Maschinen muss Neo sich den Agenten stellen, übermächtigen Computerprogrammen, die entschlossen sind, Neo und den gesamten menschlichen Widerstand zu stoppen.